수도권에 위치한 중기업이 중소기업특별세액감면 혜택을 받지 못하는 주된 이유는, 해당 제도가 수도권 외 지역에 소재한 중소기업에 비해 수도권 소재 중소기업에 대해 감면 혜택을 제한적으로 적용하거나 배제하고 있기 때문입니다.
조세특례제한법에 따르면, 중소기업특별세액감면은 감면 업종을 영위하는 중소기업에 대해 적용되지만, 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 간주하여 감면 비율을 축소하거나 적용하지 않는 경우가 많습니다.
특히, 중기업의 경우 수도권 외 지역에서 특정 감면 업종을 경영할 때 15%의 감면율이 적용되는 반면, 수도권에서 경영하는 경우에는 10%로 감면율이 낮아지거나(지식기반산업 등), 아예 감면 대상에서 제외되는 경우도 있습니다. 이는 수도권 과밀억제권역 내 투자를 억제하고 지역 균형 발전을 도모하려는 정책적 목적에 따른 것입니다.