연구인력개발비 세액공제 대상자 중 주식 보유율이 0.66%인 경우 세액공제 대상자에 포함되나요?

연구전담부서에 근무하는 직원이 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익이 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부는 주식 보유율 0.66%만으로는 판단하기 어렵습니다.

세법에서는 주식매수선택권 행사 이익이 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되기 위한 별도의 주식 보유율 요건을 직접적으로 규정하고 있지 않습니다. 다만, 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항에서는 주주인 임원으로서 특정 요건을 충족하는 경우 연구요원의 인건비에서 제외될 수 있다고 규정하고 있습니다. 해당 요건은 다음과 같습니다:

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10(10%)을 초과하여 소유하게 되는 자
2. 해당 법인의 주주로서 지배주주등 및 해당 법인의 총발행주식의 100분의 10(10%)을 초과하여 소유하는 주주
3. 위 2호에 해당하는 자와 특수관계에 있는 자

따라서, 주식 보유율이 0.66%인 경우 위에서 언급된 제외 요건에 해당하지 않는다면 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함될 수 있습니다. 정확한 판단을 위해서는 해당 직원이 주주인 임원에 해당하는지, 그리고 위 제외 요건에 해당하는지 여부를 구체적으로 검토해야 합니다.