2024년 통합고용증대세액공제 발생분 전액을 이월하였는데, 2025년에 청년 근로자 감소로 인해 추징이 발생하는 경우, 이월된 공제액을 어떻게 처리해야 하나요?

2024년에 발생한 통합고용증대세액공제 전액을 이월하였고, 2025년에 청년 근로자 감소로 인해 추징이 발생하는 경우, 이월된 공제액은 다음과 같이 처리됩니다.

결론: 추징세액은 납부해야 하며, 이월된 공제액은 해당 추징세액을 공제하는 데 사용될 수 있습니다. 즉, 이월된 공제액이 추징세액보다 많거나 같으면 추가 납부할 세액은 없을 수 있으며, 이월된 공제액에서 추징세액만큼 차감됩니다. 만약 이월된 공제액이 추징세액보다 적다면, 차액만큼은 납부해야 합니다.

근거:

• 통합고용세액공제(조세특례제한법 제29조의8)의 사후관리 규정에 따르면, 최초 공제연도 대비 상시근로자 수가 감소한 경우 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부해야 합니다.
• 통합고용세액공제의 경우, 추징세액 발생 시 이월된 공제금액이 있다면 해당 금액을 차감한 후의 금액을 납부하게 됩니다. 이는 고용증대세액공제(조세특례제한법 제29조의7)와 달리, 이월된 공제액으로 추징세액을 우선 충당할 수 있음을 의미합니다.
• 따라서 2024년에 발생하여 전액 이월된 공제액은 2025년에 발생하는 추징세액을 상계하는 데 사용될 수 있습니다. 세액공제조정명세서에는 이월된 공제액에서 추징세액만큼 차감된 잔액을 반영하게 됩니다.