특허권 취득과 관련하여 매입세금계산서를 발급받고 부가가치세를 공제받았다면, 해당 부가가치세는 특허권의 취득가액에 포함되지 않습니다. 부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 위해 지출한 부가가치세를 환급받는 것으로, 이는 취득가액과는 별개로 처리됩니다.
따라서, 특허권의 취득가액은 부가가치세를 제외한 금액으로 보아야 합니다. 만약 특허권 취득 시 부담한 부가가치세가 매입세액 공제 대상이 되지 않는 경우(예: 사업과 직접 관련 없는 지출 등)에는 해당 부가가치세가 취득가액에 포함될 수 있습니다. 하지만 질문하신 내용처럼 매입세액 공제를 받은 경우에는 취득가액에 포함되지 않습니다.