고유번호증을 가진 교회는 일반적으로 부가가치세 환급을 신청할 수 없습니다.
부가가치세 환급은 부가가치세법상 과세사업자로 등록된 경우에만 가능합니다. 고유번호증은 비영리단체가 과세사업을 영위하지 않을 때 발급받는 것으로, 부가가치세 신고 및 환급 의무가 없습니다.
만약 교회가 수익사업을 영위하고 해당 수익사업에 대해 사업자등록증을 발급받았다면, 해당 수익사업과 관련된 매입세액에 대해 부가가치세 환급이 가능할 수 있습니다. 이 경우, 부가가치세 신고 시 매입세액이 매출세액을 초과하는지 여부를 확인해야 합니다.
결론적으로, 고유번호증만으로는 부가가치세 환급이 불가하며, 과세되는 수익사업을 영위하고 사업자등록증을 보유해야 환급 가능성을 검토할 수 있습니다.