업무 진행 후 세금계산서 발급 전에 채권과 채무가 발생하여 상계 처리를 하는 경우, 실제 주고받는 금액은 상계 후 차액이 됩니다. 하지만 세금계산서는 실제 거래된 공급가액 전체에 대해 발급해야 합니다. 만약 상계 후 차액만으로 세금계산서를 발급하면 사실과 다른 세금계산서로 간주되어 가산세가 부과될 수 있습니다. 따라서, 실제 거래된 공급가액 전체에 대해 세금계산서를 발급하고, 상계 처리는 회계상으로만 반영하는 것이 일반적입니다.
예를 들어, 공급가액 100만원의 물품을 공급하고 세금계산서를 발급해야 하는데, 상대방으로부터 50만원의 채권이 있어 이를 상계 처리하기로 했다면, 공급가액 100만원 전액에 대한 세금계산서를 발급해야 합니다. 이후 회계처리 시 상계된 50만원을 반영하여 실제 지급액은 50만원이 됩니다.