일반과세자가 10년 공실 후 상가를 매각하는 경우, 건물 가액에 대한 부가가치세 10%를 신고하고 납부해야 합니다.
매수자 역시 일반과세자이고 해당 상가를 과세사업에 사용하기 위해 매입하며 적격 증빙(세금계산서)을 수취하는 경우, 매입세액 공제를 통해 부가가치세를 환급받을 수 있습니다.
다만, 상가 매각이 사업의 포괄양수도에 해당하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않습니다. 포괄양수도는 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 거래를 말합니다. 매수인이 해당 상가를 사업용으로 사용하기 위해 매입하고, 매도인의 임대사업을 포괄적으로 승계받는 경우에 해당한다면 포괄양수도로 볼 수 있습니다. 이 경우 매도인은 세금계산서를 발행하지 않으며 부가가치세를 신고·납부하지 않아도 됩니다.
정확한 판단을 위해서는 전문가와 상담하여 포괄양수도 해당 여부 및 세금계산서 발행 가능 여부를 확인하시는 것이 좋습니다.