만화카페는 일반적으로 부가가치세가 과세되는 업종입니다.
일반적인 독서실의 경우 교육청에 신고 및 등록 절차를 거쳐 교육용역으로 인정받아 부가가치세가 면제되는 면세사업자로 등록이 가능합니다. 하지만 만화카페는 교육청의 인허가 대상이 아니며, 음식물 등을 함께 제공하는 경우 부가가치세가 과세됩니다.
만화카페에서 제공하는 서비스 중 책 대여와 같은 부분은 면세로 간주될 수 있으나, 음식물 판매 등은 과세 매출로 구분됩니다. 따라서 만화카페는 면세와 과세 매출이 함께 발생하는 사업자로 등록해야 합니다.