네, 임대차 계약에 따라 임대료를 3개월마다 한 번에 받기로 약정한 경우, 해당 약정일에 세금계산서를 발행받아 처리할 수 있습니다.
부가가치세법상 부동산 임대용역의 공급시기는 원칙적으로 대가를 받기로 한 때이며, 매월, 매분기, 매반기 등 정해진 기일에 따라 대가를 받기로 한 경우 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 됩니다. 따라서 3개월마다 임대료를 받기로 계약했다면, 해당 3개월이 되는 시점에 세금계산서를 발행받아 부가가치세 신고 시 반영하시면 됩니다.