네, 사업자 단위 과세 제도는 근로기준법과는 별개의 제도입니다.
사업자 단위 과세 제도는 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 본점이나 주사무소 등 하나의 사업장에서 모든 사업장의 부가가치세 관련 의무를 통합하여 신고하고 납부할 수 있도록 하는 제도입니다. 이는 납세자의 편의를 증진하고 세무 관리의 효율성을 높이는 데 목적이 있습니다.
반면, 근로기준법은 근로자의 근로 조건, 권리, 의무 등 근로 관계 전반을 규율하는 법률입니다. 따라서 사업자 단위 과세 제도의 적용 여부가 근로 계약, 임금, 해고 등 근로기준법상의 사항과는 직접적인 관련이 없습니다.