철도공사에서 발생한 부가가치세의 매입세액 공제 가능 여부는 해당 용역의 성격에 따라 다릅니다.
면세 대상 여객운송용역: 버스, 지하철 등 일반 대중교통의 경우 부가가치세가 면세되므로 매입세액 공제가 불가능합니다.
과세 대상이나 매입세액 불공제: 항공기, 고속철도(KTX, SRT 등), 고속버스, 택시 등의 경우 부가가치세 10%가 과세되지만, 세금계산서 발급이 불가능하여 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 이는 해당 용역이 세금계산서 대신 영수증을 발급하는 업종에 해당하기 때문입니다.
과세 대상이며 매입세액 공제 가능: 전세버스의 경우 부가가치세 10%가 과세되며, 세금계산서 발급이 가능하므로 업무 관련성이 있다면 매입세액 공제가 가능합니다.
매입세액 공제가 불가능하더라도, 해당 비용이 업무와 관련이 있다면 소득세법상 필요경비로 인정받을 수 있습니다.
참고: 도시철도 건설과 같이 국가에 기부채납하고 무상사용권을 얻어 면세 사업에 사용하는 경우, 건설 단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 않습니다.