세금계산서를 발급받는 쪽(매입자)은 일반적으로 부가가치세 신고 시 매입세액 공제를 통해 납부할 부가가치세를 줄일 수 있습니다. 즉, 판매자(매출자)가 부가가치세를 포함한 금액을 청구하면, 매입자는 그중 부가가치세 부분에 대해 세금계산서를 증빙으로 제출하여 환급받거나 납부할 세액에서 공제받게 됩니다. 따라서 세금계산서를 받는다고 해서 별도의 세금이 직접적으로 부과되는 것은 아니며, 오히려 매입세액 공제를 위한 중요한 증빙 자료가 됩니다.
만약 사업과 관련 없는 지출에 대한 세금계산서를 받거나, 적격증빙이 아닌 자료를 받은 경우에는 매입세액 공제가 불가능할 수 있습니다.