월세 세금계산서를 누락했더라도, 임대차 계약에 따라 월세를 보증금에서 차감하기로 약정한 경우에는 해당 약정에 따라 미납 월세를 보증금에서 차감한 후 남은 금액으로 간주임대료를 계산해야 합니다. 그러나 단순히 임대료가 미납되어 계약 종료 시 보증금에서 차감하고 지급하는 경우에는, 최초 보증금 전체를 기준으로 간주임대료를 계산해야 합니다.
세법상으로는 임대료를 실제로 받지 못했더라도, 계약에 따라 받을 권리가 확정된 때를 공급시기로 보아 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부해야 합니다. 따라서 월세 미납액을 보증금에서 차감하기로 하는 별도의 약정이 없다면, 보증금 전액에 대해 간주임대료를 계산해야 합니다.