계열사 비용정산 시 세금계산서 발행은 어떻게 해야 하나요?

계열사 간 공동업무 수행 후 발생하는 비용을 정산하는 경우, 해당 정산금이 부가가치세 과세 대상인 용역의 공급으로 보지 않는다면 세금계산서를 발급할 필요가 없습니다. 이는 단순 비용 배분으로 간주되기 때문입니다.

다만, 다음과 같은 사항을 유의해야 합니다.

1. 용역의 공급 여부 판단: 공동으로 업무를 수행했는지, 비용을 실제로 공동으로 분담했는지 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 용역의 공급으로 볼 수 있는지 판단해야 합니다. 만약 용역의 공급으로 판단될 경우, 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급해야 합니다.
2. 세금계산서 발급 의무: 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 세금계산서를 발급해야 합니다. 간이과세자의 경우에도 직전 연도 공급대가 합계액이 4,800만원 이상이면 세금계산서 발급이 원칙입니다.
3. 공동수급체의 경우: 공동수급체들이 공급한 건설용역에 대해 각자의 사업자등록번호로 지분비율에 따라 발주처에 세금계산서를 발급해야 합니다. 대표사가 발주처에 세금계산서를 발급한 경우, 공동수급인들은 대표사에게 지분비율만큼 세금계산서를 발급합니다.

결론적으로, 계열사 간 비용 정산이 단순 비용 배분인지, 아니면 용역의 공급에 해당하는지에 따라 세금계산서 발급 여부가 결정됩니다. 명확한 판단을 위해 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.