대표자가 같더라도 두 법인이 서로 주주가 아닌 경우, 법인세법상 특수관계자에 해당하는지는 사실관계에 따라 판단해야 합니다. 단순히 대표이사가 동일하다는 사실만으로는 특수관계자에 해당하지 않습니다.
다만, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에 따라 한 법인의 임원의 임면권 행사나 사업방침 결정 등에 다른 법인이 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우에는 특수관계자에 해당할 수 있습니다. 또한, 두 법인 간에 인사 교류가 있거나, 한 법인이 다른 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 경우에도 특수관계자로 볼 수 있습니다.
따라서, 두 법인이 서로 주주가 아니더라도 경영상의 지배력 행사 여부 등 구체적인 사실관계를 종합적으로 검토하여 특수관계 해당 여부를 판단해야 합니다.