홈택스에서 '착오에 의한 이중발급' 사유로 수정세금계산서를 발급하신 경우, 해당 수정세금계산서 자체에 대한 지연발급 가산세는 일반적으로 부과되지 않습니다.
'착오에 의한 이중발급'은 부가가치세법상 수정세금계산서 발급 사유로 인정되며, 적법한 절차에 따라 수정세금계산서를 발급하면 가산세가 면제됩니다. 다만, 이는 수정세금계산서 발급 자체에 대한 내용이며, 이로 인해 발생하는 부가가치세의 과소신고 또는 초과환급신고에 대해서는 수정신고 또는 경정청구를 통해 바로잡아야 합니다.
만약 수정세금계산서 발급으로 인해 과세표준 또는 납부세액에 변동이 발생하였음에도 불구하고, 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 수정하지 않거나 경정청구를 하지 않으면 과소신고가산세 또는 납부지연가산세가 부과될 수 있습니다.
따라서, 홈택스에서 착오에 의한 이중발급으로 수정세금계산서를 발급하신 후에는 반드시 해당 과세기간의 부가가치세 신고 내용을 확인하시고, 필요한 경우 수정신고 또는 경정청구를 진행하셔야 합니다.