법인세 차감납부할 세액과 실제 환급금이 다른 경우는 주로 법인세 경정청구 또는 세무조사 결과에 따라 발생합니다.
주요 발생 원인:
결손금 소급공제: 과거 사업연도에 발생한 결손금을 현재 사업연도의 소득에서 공제하여 이미 납부한 법인세를 환급받는 경우, 추후 해당 결손금액이 달라지거나 소급공제 대상이 아니게 되면 환급받은 세액 중 일부를 다시 납부해야 할 수 있습니다. 이 경우, 환급받은 세액에 이자상당액을 가산하여 징수할 수 있습니다.
세무조사 결과: 세무조사 결과, 당초 신고한 법인세액이 과다하게 납부된 것으로 확인되면 환급이 이루어집니다. 반대로 과소 납부된 것으로 확인되면 추가 납부가 발생합니다.
회계상 오류 또는 추정 변경: 회계상의 오류가 발견되어 수정되거나, 세무조정 과정에서 추정의 변경 등으로 인해 법인세 과세표준 및 세액이 달라지는 경우 환급 또는 추납이 발생할 수 있습니다.
처리 방안:
법인세법 시행령 제110조 제6항에 따라, 당초 환급 세액의 계산 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급 세액을 재결정하여 추가 환급하거나 과다 환급한 세액 상당액을 징수해야 합니다.
결손금 소급공제 후 결손금이 감소된 경우, 감소된 결손금에 상당하는 세액에 이자상당액을 가산하여 징수할 수 있습니다. 다만, 납세자가 과다 환급받은 데 정당한 사유가 있는 경우에는 이자율이 달라질 수 있습니다.