수기 매입 세금계산서를 부가가치세 신고 시 누락한 경우, 수정 신고 또는 경정 청구를 통해 매입세액을 공제받는다면 일반적으로 매입처별세금계산서합계표 제출불성실가산세는 부과되지 않습니다. 또한, 이 경우 환급세액이 발생하므로 신고불성실 및 납부지연가산세도 부담하지 않습니다.
다만, 다음과 같은 경우에는 가산세가 부과될 수 있습니다.
마이너스 매입세금계산서 신고를 누락하여 부가가치세가 과소 신고·납부된 경우에는 매입처별세금계산서합계표미제출가산세 및 신고·납부불성실 가산세가 부과될 수 있습니다.