창업중소기업 세액감면은 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 적용됩니다. 따라서 1, 2기 손실 후 3기부터 이익이 발생했다면, 3기부터 감면 적용이 시작되는 것으로 보아야 합니다.
결손금 사용 여부와 관계없이, 창업 후 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 감면 기간이 기산됩니다. 다만, 3기 과세연도에 결손금 공제로 인해 법인세가 발생하지 않아 세액감면을 적용받지 못했더라도, 해당 과세연도는 감면 기간 5년 중 하나로 계산됩니다. 만약 3기 과세연도에 소득이 발생했으나 결손금 공제로 인해 납부할 세액이 없어 감면을 적용받지 못한 경우, 그 다음 과세연도부터 남은 감면 기간 동안 세액감면을 적용받을 수 있습니다. 예를 들어, 3기 과세연도에 소득이 발생했으나 결손금 공제로 세액감면을 적용받지 못했다면, 4기부터 5년의 감면 기간 중 남은 기간 동안 감면을 적용받게 됩니다.
만약 5년의 감면 기간 동안 계속해서 결손이 발생하여 소득이 발생하지 않았다면, 사업 개시 후 5년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 감면 기간이 기산됩니다.