이자소득과 배당소득에 대해 원천징수세율 이상을 부담하도록 규정되어 있어 결손 발생 시에도 원천징수세액이 환급되지 않는다는 것은, 해당 소득에 대해 이미 원천징수된 세금이 있다면, 다른 소득에서 결손이 발생하여 납부할 세액이 없더라도 원천징수된 세금을 추가로 납부해야 하거나 환급받을 수 없다는 의미입니다.
일반적으로 법인세 신고 시, 원천징수된 세금은 '기납부세액'으로 간주되어 최종 산출세액에서 차감됩니다. 만약 산출세액이 기납부세액보다 적으면 그 차액은 환급받을 수 있습니다. 그러나 이자소득이나 배당소득의 경우, 소득세법상 특정 규정에 따라 원천징수세율 이상을 부담하도록 되어 있어, 설령 다른 소득에서 결손이 발생하여 전체적인 납부할 세액이 없더라도 이미 원천징수된 세금은 환급되지 않는 경우가 있습니다.
이는 금융소득 종합과세 시 이자·배당소득 외 종합소득이 결손인 경우, 종합소득산출세액을 이자·배당소득 금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 세액으로 하므로 기원천징수된 세액을 환급하지 않는다는 국세청 유권해석과도 맥을 같이 합니다.