근로소득 연말정산을 통해 장기주택저당차입금 이자 상환액에 대한 소득공제를 이미 받으신 경우, 종합소득세 신고 시 해당 금액을 다시 공제받을 수는 없습니다. 연말정산은 해당 과세기간의 소득에 대한 최종 세액을 정산하는 절차이므로, 이미 연말정산에서 반영된 공제 항목은 종합소득세 신고 시 중복하여 공제받을 수 없습니다.
다만, 연말정산 시 누락된 공제 항목이 있거나, 근로소득 외 다른 종합소득이 있는 경우에는 해당 소득에 대한 신고를 종합소득세 신고 기간에 별도로 진행해야 합니다. 이 경우, 연말정산에서 반영되지 않은 다른 공제 항목이 있다면 종합소득세 신고 시 반영할 수 있습니다.