치과를 양수받아 개업하면서 권리금을 지급하는 경우, 양수인은 해당 권리금을 일반적으로 영업권으로 간주하여 무형자산으로 계상하고 5년간 정액법으로 감가상각하여 비용 처리할 수 있습니다.
권리금을 지급하는 양수인은 세금계산서 등 법정지출증빙을 수취해야 하며, 권리금 지급액에 대해 8.8%의 기타소득세를 원천징수하여 다음 달 10일까지 신고 및 납부해야 합니다. 또한, 다음 연도 2월 말까지 기타소득 지급명세서를 제출해야 합니다.
만약 권리금 계약서 작성 시 부가가치세 지급 및 세금계산서 발급에 대한 특약을 넣지 않았거나, 사업의 포괄 양수도에 해당하지 않는 경우에도 원천징수 의무는 발생합니다. 적격증빙을 수취하지 못하면 가산세가 부과될 수 있으며, 원천징수 의무를 이행하지 않으면 가산세와 함께 원천징수 세액까지 부담해야 할 수 있습니다.
권리금을 지급받는 양도인의 경우, 권리금은 기타소득으로 분류되며 필요경비 60%를 제외한 금액에 대해 종합소득세 신고 시 합산하여 신고해야 합니다. 다만, 치과와 같은 면세사업자의 경우 부가가치세가 과세되지 않으며, 세금계산서 대신 계산서를 발급해야 합니다.