현재 「대안교육기관에 관한 법률」에 따라 등록된 대안교육기관에 지급한 교육비는 「소득세법」상 교육비 특별세액공제 대상에 포함되지 않습니다.
이는 「소득세법」 제59조의4에서 규정하는 교육비 세액공제 대상이 「유아교육법」, 「초ㆍ중등교육법」, 「고등교육법」 및 특별법에 따른 학교 등에 한정되기 때문입니다. 대안교육기관은 법적 지위를 인정받았으나, 현행법상으로는 위 법률에 따른 학교로 분류되지 않아 공제 대상에서 제외되고 있습니다.
이러한 상황은 조세 형평성 원칙에 어긋난다는 지적이 있으며, 대안교육계에서는 관련 법 개정을 통해 대안교육기관에 지급한 교육비도 세액공제 대상에 포함시켜 줄 것을 요구하고 있습니다. 실제로 21대 국회에서 관련 법안이 발의되었으나 기획재정부의 반대로 폐기되었고, 22대 국회에서도 관련 법안이 발의되었으나 현재 논의가 지연되고 있는 상황입니다.
법 개정이 이루어질 경우, 대안교육기관에 납부한 교육비에 대해서도 연말정산 시 세액공제를 받을 수 있게 될 것으로 예상됩니다.