학원으로 등록된 경우에도 세금 납부 의무가 있습니다. 다만, 학원업은 일반적으로 부가가치세 면세사업자로 분류되어 부가가치세 납부 의무가 면제되는 경우가 많습니다. 하지만 이는 교육 용역 제공에 한정되며, 문제집 판매 등 부수적인 사업을 통해 발생하는 소득에 대해서는 과세될 수 있습니다.
또한, 학원 운영자는 종합소득세 신고 및 납부 의무가 있으며, 강사나 직원의 인건비에 대한 원천징수 및 신고 의무도 있습니다. 따라서 학원 등록 여부와 관계없이 세법에 따른 신고 및 납부 의무를 이행해야 합니다.