복지수당이 근로소득으로 간주될 경우, 해당 수당은 다른 근로소득과 합산되어 종합소득세 과세 대상이 됩니다. 세금 계산은 다음과 같은 절차로 이루어집니다.
연말정산 시에는 회사가 근로소득 간이세액표에 따라 매월 급여 지급 시 원천징수하며, 연말에 최종 정산을 통해 세액을 확정합니다. 만약 복지수당이 비과세 요건을 충족하지 못하고 근로소득으로 과세될 경우, 해당 금액만큼 근로자의 과세 대상 소득이 증가하여 최종 납부해야 할 세액이 늘어나게 됩니다.