종합소득세 신고 시 납부세액은 없는데 농어촌특별세액이 발생하는 경우가 있는지 궁금합니다.

네, 종합소득세 신고 시 납부할 세액이 없더라도 농어촌특별세가 발생하는 경우가 있습니다.

이는 「조세특례제한법」에 따라 종합소득세의 일부 세액 감면, 면제, 소득공제 또는 비과세 혜택을 받은 경우에 해당합니다. 이러한 혜택을 받은 금액에 대해 농어촌특별세가 부과될 수 있습니다. 예를 들어, 이자·배당소득에 대한 소득세 감면액의 10% 또는 주택자금차입금 이자세액공제 금액의 20%가 농어촌특별세로 부과될 수 있습니다.

다만, 「농어촌특별세법」에서 규정하는 특정 감면 항목(예: 창업중소기업 세액감면, 중소기업 특별세액감면 등)에 대해서는 농어촌특별세가 비과세됩니다.