농민으로서 사업자와 거래 시, 사업자가 아닌 농민으로부터 농산물 등을 구입하는 경우 사업자는 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 이는 농민이 사업자가 아니므로 세금계산서 등 적격증빙을 발급할 수 없고, 신용카드 가맹점도 아니기 때문입니다.
다만, 사업자가 아닌 농민과의 거래에서 사업자가 거래 사실을 입증할 수 있는 객관적인 서류(계약서, 이체 내역 등)를 갖추고 있다면 해당 지출은 법인세법상 손금으로 인정받을 수 있습니다. 하지만 부가가치세 매입세액 공제는 불가합니다.
또한, 사업자가 거래상대방인 농민에게 거래상 지위를 이용하여 불이익을 가하는 경우, 이는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(공정거래법)의 적용 대상이 될 수 있습니다. 다만, 계약서 해석에 다툼이 있는 경우 등에는 공정거래법 적용 대상에서 제외될 수 있습니다.