종합소득세 신고 시 표준세액공제를 선택하면, 특별세액공제 항목에 포함되었던 건강보험료 공제가 자동으로 삭제됩니다. 이는 표준세액공제가 특별세액공제를 신청하지 않는 경우 적용되는 공제이기 때문입니다. 따라서 표준세액공제를 선택하신다면 건강보험료 공제 항목이 삭제된 상태로 그대로 제출하셔도 무방합니다.
표준세액공제는 근로소득이 있는 거주자가 특별세액공제, 특별소득공제, 월세 세액공제를 신청하지 않는 경우 연 13만원을 종합소득산출세액에서 공제해 주는 제도입니다. 건강보험료는 특별소득공제 항목에 해당하므로, 표준세액공제를 선택하면 건강보험료 공제는 적용받을 수 없습니다.