네, 국세 미납 상태에서 경정청구를 하여 환급금이 발생하면, 해당 환급금은 원칙적으로 미납된 국세에 먼저 충당됩니다.
국세기본법 제51조에 따라 세무서장은 납세자가 납부한 세액 중 잘못 납부하거나 초과 납부한 금액, 또는 세법에 따라 환급해야 할 환급세액이 있을 경우 이를 국세환급금으로 결정해야 합니다. 이때, 납세자에게 환급해야 할 금액이 있다면, 해당 금액은 납세자의 다른 미납 국세, 가산금, 체납처분비 등에 우선 충당될 수 있습니다. 따라서 경정청구를 통해 발생한 환급금은 미납된 국세에 먼저 충당된 후, 남은 금액이 있다면 납세자에게 지급됩니다.
다만, 충당은 납세자의 동의가 필요한 경우도 있으며, 충당의 효력은 충당 행위가 있은 날부터 장래를 향해 발생합니다.