지배주주라는 이유만으로 법인세법의 적용이 배제되는 것은 아닙니다. 법인세법은 모든 법인에게 적용되는 일반적인 세법이며, 지배주주 여부는 특정 규정의 적용 여부나 해석에 영향을 미칠 수 있습니다.
예를 들어, 법인세법 시행령 제87조에서는 특수관계자의 범위를 규정하고 있으며, 지배주주 및 그와 특수관계에 있는 자는 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사할 수 있는 자로 간주되어 관련 규정의 적용 대상이 될 수 있습니다. 또한, 특수관계인과의 거래에 대한 부당행위계산 부인 규정 등은 지배주주와 법인 간의 거래에 대해 엄격하게 적용될 수 있습니다.
따라서 지배주주라는 지위가 법인세법 적용 자체를 면제하는 것은 아니며, 오히려 특정 거래나 상황에서 법인세법의 규정이 더 중요하게 고려될 수 있습니다.