고용증대세액공제 적용 시, 2020년은 코로나19로 인한 특수한 상황을 고려하여 사후관리 규정 적용이 유예되었습니다. 따라서 2020년의 상시근로자 수 변동은 고용증대세액공제액 산정 시 직접적으로 고려되지 않으며, 일반적으로는 최초 공제받은 과세연도와 비교하여 공제액이 결정됩니다.
질문하신 내용처럼 2020년을 제외하고 2019년과 2021년의 상시근로자 증감을 고려하는 것은, 조세특례제한법 제29조의7 제5항 및 제6항의 규정에 따른 것입니다. 해당 규정에 따르면, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 상시근로자 수가 최초 공제받은 과세연도에 비해 감소한 경우에도, 2020년에는 추징하지 않고 공제 혜택을 유예하며, 2021년 이후 상시근로자 수가 유지된다면 추가 공제가 가능하도록 하고 있습니다. 따라서 2020년의 고용 변동은 직접적인 공제액 산정보다는 사후관리 유예 및 추가 공제 가능 여부에 영향을 미칩니다.