신기술사업자가 신기술투자조합으로부터 관리보수 및 성과보수를 받는 경우, 해당 보수는 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하여 과세 대상이 됩니다.
이는 자산의 관리·운용업무를 수행하고 받는 보수는 용역의 공급으로 보아 부가가치세가 과세된다는 국세청의 유권해석에 따른 것입니다. 따라서 신기술사업자는 해당 보수에 대해 세금계산서를 발행해야 합니다.
다만, 「벤처 투자 촉진에 관한 법률」에 따른 창업기획자 또는 중소기업 창업투자회사가 개인투자조합 또는 벤처 투자조합에 제공하는 자산 관리·운용 용역은 부가가치세법 시행령 제40조에 따라 면세 대상에 해당될 수 있습니다. 그러나 신기술사업자가 이러한 면세 대상에 해당하는지는 별도의 검토가 필요합니다.