일반과세자에서 간이과세자로 변경되는 경우, 변경일 현재 보유하고 있는 재고품 및 감가상각자산에 대해 일반과세자로서 공제받았던 매입세액과 간이과세자의 매입세액 공제율과의 차액을 계산하여 변경된 과세기간의 납부세액에 더하여 납부해야 합니다. 이는 일반과세자로서 매입세액을 전액 공제받은 후 간이과세자로 전환될 때 발생하는 차액을 정산하는 절차입니다.
따라서, 이미 발급한 매출세금계산서에 대한 부가가치세는 일반과세자로서의 세율이 적용되어 신고 및 납부되었을 것이므로, 간이과세자로 전환된다고 하여 기존 매출세금계산서에 대한 부가가치세를 받지 않거나 환급받는 것은 아닙니다. 다만, 간이과세자로 전환된 이후의 거래부터는 간이과세자의 규정이 적용됩니다.