주사업장 총괄납부 승인을 받았으나 각 사업장별로 부가가치세를 신고하는 경우, 매입세액 공제는 원칙적으로 매입세액이 발생한 사업장(사업장 B)에서 공제받을 수 있습니다.
주사업장 총괄납부제도는 납부 및 환급을 주된 사업장에서 총괄하는 제도일 뿐, 각 사업장의 신고 의무가 면제되는 것은 아닙니다. 따라서 사업장 B에서 발생한 매입세액은 해당 사업장의 부가가치세 신고 시 공제받아야 합니다. 다만, 총괄납부의 취지에 따라 주된 사업장에서 납부세액과 환급세액을 합산하여 납부 또는 환급받게 됩니다.