과입금으로 인해 환불할 금액이 발생한 경우, 해당 금액만큼 마이너스(-) 수정세금계산서를 발행하여 처리해야 합니다. 이는 부가가치세법상 '공급가액의 변동' 사유에 해당하며, 환불 금액에 대해 음(-)의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급하는 것이 정석적인 처리 방법입니다.
부가가치세법 시행령 제70조에 따라, 계약의 해지나 그 밖의 사유로 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 과입금으로 인한 환불은 공급가액의 차감 사유에 해당하므로, 변동 사유가 발생한 날을 작성일로 하여 차감되는 금액만큼 음(-)의 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 기존 세금계산서 자체를 삭제하거나 수정하는 것이 아니라, 변동분을 반영한 수정세금계산서를 추가로 발급하는 방식입니다.