기부금 세액공제는 해당 과세기간의 종합소득 산출세액에서 다른 세액감면 및 세액공제를 먼저 적용한 후, 남은 산출세액 범위 내에서 적용합니다. 소득세법상 세액감면 및 세액공제의 일반적인 적용 순서는 다음과 같습니다.
이때, 해당 과세기간 중에 발생한 세액공제액과 이전 과세기간에서 이월된 미공제액이 함께 있다면 이월된 미공제액을 먼저 공제합니다. 또한, 기부금 세액공제액을 포함한 세액공제 합계액이 종합소득 산출세액을 초과하는 경우, 그 초과하는 금액은 없는 것으로 보지만, 기부금 세액공제액이 포함되어 있다면 해당 초과분은 다음 과세기간부터 10년 이내에 이월하여 공제받을 수 있습니다.