개인종합자산관리계좌(ISA)에서 발생한 수익은 비과세 및 분리과세 한도 내에서는 금융소득 종합과세 대상에서 제외되지만, 이를 초과하는 금액이나 다른 금융소득과 합산하여 연간 금융소득이 2천만 원을 초과하는 경우에는 종합과세 대상이 됩니다.
금융소득 종합과세는 거주자의 연간 금융소득 합계액이 2천만 원을 초과할 때 적용됩니다. 이때 종합과세 여부를 판단하는 '금융소득'에는 비과세 및 분리과세 소득이 포함되지 않습니다. ISA 계좌의 수익은 법령에 따라 비과세 한도까지는 비과세되고, 그 초과분은 9.9%의 세율로 분리과세되도록 규정되어 있어, 해당 수익은 종합과세 기준금액(2천만 원)을 계산할 때 합산되지 않는 것이 원칙입니다.