퇴사한 인턴의 연말정산은 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 회사가 진행하며, 연말정산 시 공제받지 못한 항목은 근로자가 직접 5월 종합소득세 신고를 통해 공제받을 수 있습니다.
소득세법상 근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 근로자가 중도 퇴직하는 경우, 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 실시해야 합니다. 다만, 회사는 근로자가 제출한 서류를 바탕으로 정산하므로, 퇴사 시점에 제출하지 못한 공제 증명서류는 회사 연말정산에 반영되지 않습니다. 이 경우 근로자가 직접 종합소득세 신고를 통해 정산해야 합니다.