연말정산은 근로자의 1년간 총급여에 대한 정확한 세액을 확정하는 절차이고, 원천세 가감조정은 매월 발생하는 원천징수 세액의 과오납을 즉시 정산하는 절차이므로 두 제도는 목적과 대상이 다릅니다.
원천징수제도는 소득을 지급할 때마다 세금을 미리 떼어 납부하는 방식입니다. 하지만 매월 급여 지급 시 적용하는 '간이세액표'는 근로자의 실제 연간 소득공제나 세액공제 내역을 모두 반영하지 못합니다. 따라서 다음과 같은 차이가 발생합니다.
즉, 연말정산은 '연간 세액 확정'이라는 본질적인 정산 과정이며, 원천세 가감조정은 '매월 발생하는 원천징수 세액의 납부 편의와 과오납 처리'를 위한 행정적 절차입니다. 연말정산 결과 발생한 환급액 역시 원천세 신고 시 '조정환급'이라는 가감조정 방식을 통해 처리되므로, 연말정산은 원천세 신고 체계 안에서 이루어지는 하나의 큰 정산 이벤트라고 이해하시면 됩니다.