공동사업장의 조정계산서는 대표공동사업자가 주소지 관할 세무서장에게 제출하는 것이 원칙이며, 비대표공동사업자는 대표자가 제출한 공동사업장 조정계산서 등을 바탕으로 자신의 종합소득세 과세표준 확정신고를 진행하기 때문에 비대표자의 프로그램상 조정계산서가 별도로 마감되지 않는 것입니다.
공동사업장은 그 사업장을 1거주자로 보아 소득금액을 계산하며, 대표공동사업자가 해당 공동사업장의 소득금액과 가산세액, 원천징수된 세액 등을 적은 '공동사업자별 분배명세서'를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.
이때 대표공동사업자가 종합소득세 과세표준 확정신고 시 공동사업장에 대한 재무제표(대차대조표 등)와 조정계산서를 첨부하여 제출하면, 비대표공동사업자는 이를 근거로 자신의 소득을 신고하게 됩니다. 따라서 비대표공동사업자가 별도로 공동사업장에 대한 조정계산서를 마감할 필요가 없도록 프로그램이 설계되어 있습니다.
대표공동사업자가 공동사업장에 대한 대차대조표 등을 첨부하여 신고한 경우, 비대표공동사업자가 이를 별도로 제출하지 않더라도 가산세가 적용되지 않습니다. 다만, 각 공동사업자는 자신의 지분 또는 손익분배비율에 따라 분배된 소득금액에 대해 각각 납세의무를 지므로, 본인의 종합소득세 신고 시 해당 소득이 누락되지 않도록 주의해야 합니다.