수익사업을 위해 사용하는 비용이 국가에서 편성받은 기금인 경우, 매입세액 공제가 가능한가요?

국가로부터 지원받은 기금(국고보조금)을 재원으로 하여 수익사업을 위해 재화나 용역을 공급받는 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.

한눈에 보기

부가가치세 매입세액 공제 여부는 해당 지출이 '사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역'인지와 '불공제 사유에 해당하지 않는지'를 기준으로 판단합니다. 공급 대가의 재원이 국고보조금인지 여부는 매입세액 공제 가능 여부에 영향을 미치지 않습니다.

왜 그런가요?

1. 공급대가의 재원과 무관: 부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 위해 부담한 부가가치세액을 매출세액에서 차감하는 제도입니다. 대가 지급의 재원이 정부 출연금이나 보조금이라 하더라도, 사업자가 과세사업을 위해 재화·용역을 공급받고 적법한 세금계산서를 수취했다면 공제 대상이 됩니다.
2. 과세사업 관련성: 수익사업을 영위하는 사업자가 해당 수익사업(과세사업)을 위해 지출한 비용이라면 매입세액 공제가 가능합니다. 반면, 면세사업이나 비과세사업에 사용된 비용이라면 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.
3. 판례 및 예규: 국고보조금을 재원으로 한 거래라 하더라도, 해당 거래가 과세사업과 직접 관련이 있다면 매입세액 공제가 가능하다는 것이 일관된 유권해석입니다.

지금 해야 할 일

1. 적격증빙 수취: 거래 상대방으로부터 반드시 세금계산서 등 적격증빙을 수취하여 보관하십시오.
2. 사업 관련성 확인: 해당 지출이 과세사업(수익사업)과 직접적인 관련이 있는지 확인하십시오. 만약 면세사업이나 비과세사업과 관련된 지출이라면 공제받을 수 없습니다.
3. 구분 회계: 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우, 공통 매입세액은 실지귀속에 따라 구분하고, 구분이 불분명한 경우 안분 계산하여 처리해야 합니다.

주의할 점

• 면세·비과세사업 관련 지출: 국고보조금을 재원으로 하더라도 면세사업이나 비과세사업에 사용된 비용은 매입세액 공제가 불가능합니다. 실지귀속을 명확히 구분하여 처리하시기 바랍니다.
• 공통매입세액 안분: 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우, 국고보조금 등 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 금액도 공통매입세액 안분 계산 시 총공급가액 등에 포함될 수 있으므로 관련 규정을 준수해야 합니다.