자동차 운송 겸용 여객선에 의한 여객운송 용역은 원칙적으로 부가가치세 과세 대상이나, 재정경제부령으로 정하는 '차도선형 여객선'에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제됩니다.
부가가치세법상 여객운송 용역은 원칙적으로 면세 대상이지만, 항공기, 고속버스, 택시, 고속철도 등과 함께 특정 선박에 의한 여객운송 용역은 과세 대상으로 규정되어 있습니다. 자동차 운송 겸용 여객선 역시 이 과세 대상 선박에 포함됩니다. 다만, 법령에서는 예외적으로 '차도선형 여객선'을 면세 범위로 별도 지정하고 있습니다. 여기서 차도선형 여객선이란 자동차운송 겸용 여객선 중 차량탑재구역이 상시 개방되어 있고, 주로 선수문을 통해 승객과 차량이 타고 내리는 구조를 가진 선박을 의미합니다.