주3일 근무자에게 주5일 기준으로 연차수당을 과다 지급한 경우, 이는 근로기준법상 정당한 연차수당 산정액을 초과한 금액이므로 사용자는 근로자와의 합의를 통해 해당 금액을 반환받거나 향후 지급할 임금에서 상계하는 등의 방식으로 정산할 수 있습니다. 다만, 임금 전액 지급의 원칙에 따라 근로자의 동의 없는 일방적인 임금 공제는 원칙적으로 금지되므로, 반드시 근로자의 명시적인 동의를 얻어 정산 절차를 진행해야 합니다.
단시간근로자의 연차휴가는 근로시간 비례 원칙에 따라 산정되어야 합니다. 주3일 근무자라면 주5일(40시간) 근무자 대비 근로시간 비율만큼 연차휴가 시간(또는 일수)이 부여되어야 하며, 연차수당 역시 이 산정된 시간에 시간급 통상임금을 곱하여 지급하는 것이 법적 기준입니다. 따라서 주5일 기준으로 지급된 수당은 법적 의무 범위를 초과한 것으로, 민법상 '부당이득'의 성격을 가질 수 있습니다.
