사업자단위과세제도는 부가가치세 신고·납부 등 부가가치세법상 납세의무를 본점 또는 주사무소에서 통합하여 이행하는 제도일 뿐, 종합소득세 신고 시에는 사업장별로 소득금액을 구분하여 계산하고 조정계산서를 작성해야 합니다.
종합소득세는 개인별로 한 해 동안 발생한 모든 소득을 합산하여 계산하는 세금입니다. 사업자가 둘 이상의 사업장을 가진 경우, 소득세법에 따라 각 사업장별로 거래내용이 구분될 수 있도록 장부를 기록해야 하며, 종합소득세 과세표준 확정신고 시에도 사업장별·소득별로 서류를 작성하고 합계표를 첨부하여야 합니다. 부가가치세법상의 사업자단위과세 적용 여부와 관계없이, 종합소득세 신고 시에는 각 사업장의 소득금액을 정확히 산출하여 세무조정을 거쳐야 하므로 사업장별로 조정계산서를 작성하는 것이 원칙입니다.