퇴직 정산 완료 후 연차수당 추가 지급에 대한 시정지시를 받은 경우, 세금을 즉시 원천징수하지 않고 근로소득원천징수영수증에 반영하는 방법이 있나요?

퇴직 정산 완료 후 연차수당을 추가로 지급하는 경우, 이를 즉시 원천징수하지 않고 영수증에만 반영하는 방법은 없으며, 반드시 지급 시점에 소득세를 원천징수하여 신고·납부해야 합니다.

왜 그런가요?

연차수당은 근로의 대가로 지급되는 근로소득에 해당합니다. 퇴직 후 추가로 지급되는 연차수당은 그 지급 사유가 발생하여 금액이 확정된 때를 귀속시기로 보며, 실제 지급하는 때에 원천징수 의무가 발생합니다. 따라서 추가 지급액에 대해 소득세를 원천징수하지 않고 영수증에만 반영하는 것은 세법상 허용되지 않습니다.

지금 해야 할 일

1. 추가 지급액 재계산: 추가 지급할 연차수당을 포함하여 해당 근로자의 연간 근로소득을 다시 계산합니다.
2. 연말정산 재정산: 퇴직 시 이미 완료한 연말정산 내용을 바탕으로, 추가된 연차수당을 합산하여 소득세액을 재계산합니다.
3. 원천징수 및 신고: 재계산된 세액에서 이미 납부한 세액을 뺀 차액을 추가로 원천징수하여, 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수이행상황신고서를 제출하고 납부해야 합니다.
4. 지급명세서 수정 제출: 추가 지급분을 반영하여 근로소득 지급명세서(원천징수영수증)를 수정하여 다시 제출해야 합니다.

주의할 점

• 가산세 여부: 법원 판결이나 노동청의 시정지시 등에 따라 급여 소급분이 발생하는 경우, 판결일 또는 시정지시일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수하여 납부하면 납부지연가산세가 적용되지 않을 수 있습니다. 다만, 단순 착오로 인한 누락은 가산세가 발생할 수 있으므로 주의가 필요합니다.
• 귀속시기: 추가 지급되는 연차수당은 근로를 제공한 연도의 근로소득으로 보아 연말정산을 재정산하는 것이 원칙입니다.