원천징수세액은 원칙적으로 각 사업장별로 신고·납부해야 하며, 본점과 지점을 통합하여 신고하려면 관할 세무서장에게 일괄납부 승인을 받거나 사업자단위과세 사업자로 등록되어 있어야 합니다.
법인세법 및 소득세법상 원천징수세액의 납세지는 원칙적으로 각 사업장의 소재지입니다. 다만, 법인이 지점 등에서 지급하는 소득에 대한 원천징수세액을 본점의 전자계산조직 등을 통해 일괄 계산하는 경우, 납세자의 편의를 위해 본점 소재지를 납세지로 하여 통합 신고할 수 있는 특례를 두고 있습니다.