전체 상시근로자 수가 유지되거나 증가했음에도 청년등 상시근로자 수만 감소한 경우, 잔여 공제연도에 대해서는 청년등 외 상시근로자 기준 금액을 적용하여 공제를 계속 받을 수 있다는 예외적인 해석이 존재합니다.
고용지원금(고용증대세액공제 및 통합고용세액공제)은 최초 공제받은 연도 대비 고용 인원을 유지해야 하는 사후관리 의무가 있습니다. 원칙적으로 청년등 상시근로자 수가 감소하면 해당 인원에 대한 공제액은 추징되지만, 전체 상시근로자 수가 유지된다면 청년등 외 인원에 대한 공제액을 적용하여 공제를 이어갈 수 있습니다.
기획재정부의 해석(조세특례제도과-215, 2023. 3. 6.)에 따르면, 전체 상시근로자 수가 감소하지 않은 상태에서 청년등 상시근로자 수만 감소한 경우, 잔여 공제연도에 대해서는 청년등 외 상시근로자 공제금액을 적용하여 공제가 가능하다고 보고 있습니다. 이는 고용 유지라는 제도의 취지를 고려하여, 전체 고용 규모가 유지된다면 청년등에 대한 공제액 일부가 추징되더라도 나머지 공제 혜택은 유지할 수 있도록 한 것입니다.