국책과제로 결제한 매입부가세는 공제가 안 되는 것인가요?

국책과제 수행을 위해 국고보조금을 재원으로 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 적법하게 수취한 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.

한눈에 보기

• 공제 가능 여부: 국고보조금을 재원으로 대가를 지급했더라도, 해당 지출이 과세사업을 위해 사용되었고 세금계산서 등 적격 증빙을 갖추었다면 매입세액 공제가 가능합니다.
• 핵심 판단 기준: 보조금의 재원(국가 지원금 여부)보다는 해당 지출이 부가가치세가 과세되는 사업과 직접적인 관련이 있는지 여부가 중요합니다.

왜 그런가요?

부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 자기의 과세사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대해 부담한 세액을 대상으로 합니다. 국고보조금은 공급대가의 재원일 뿐이며, 보조금을 재원으로 지출했다는 사실만으로 매입세액 공제가 배제되지 않습니다. 다만, 다음의 경우에는 공제받을 수 없습니다.

• 면세사업 관련: 국고보조금을 재원으로 면세사업이나 부가가치세가 과세되지 않는 사업에 사용한 경우, 해당 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 비과세사업 관련: 비과세사업을 위해 사용된 재화·용역에 대한 매입세액은 공제 대상이 아닙니다.

지금 해야 할 일

1. 사업 성격 확인: 해당 국책과제가 부가가치세가 과세되는 사업과 관련이 있는지 확인하십시오.
2. 증빙 수취: 재화나 용역을 공급받을 때 반드시 공급자의 등록번호, 공급가액, 부가가치세액 등이 기재된 세금계산서를 발급받아야 합니다.
3. 안분계산 검토: 만약 과세사업과 면세사업(또는 비과세사업)을 겸영하는 경우라면, 공통매입세액에 대해 실지귀속에 따라 구분하거나, 구분할 수 없는 경우 총공급가액 대비 면세공급가액 비율로 안분계산하여 공제받지 못할 매입세액을 제외해야 합니다.

주의할 점

보조금 정산 시 이미 공제받은 매입세액을 사업비에서 제외해야 하는 경우가 많으므로, 보조금 교부기관의 정산 지침을 반드시 확인하시기 바랍니다. 또한, 과세사업과 관련 없는 지출이나 접대비 등 부가가치세법상 불공제 사유에 해당하는 지출은 보조금 사용 여부와 관계없이 공제되지 않습니다.