기한 후 신고 시 무신고가산세 계산의 기준이 되는 '무신고납부세액'은 기납부세액을 차감하기 전의 결정세액이 아니라, 신고기한까지 납부했어야 할 세액에서 기납부세액을 뺀 최종적으로 납부할 세액을 의미합니다. 따라서 기납부세액이 있어 최종적으로 납부할 세액이 없거나 환급이 발생하는 경우에는 무신고가산세가 부과되지 않습니다.
지방세기본법 및 국세기본법상 무신고가산세는 '신고로 납부하여야 할 세액'을 기준으로 부과합니다. 여기서 '신고로 납부하여야 할 세액'이란 납세의무자가 법정신고기한까지 신고했더라면 납부했어야 할 세액을 말하며, 이는 이미 납부한 세액(기납부세액)을 제외한 금액입니다. 따라서 기납부세액이 이미 납부할 세액을 초과하여 환급이 발생하는 상황이라면, 가산세의 기초가 되는 '무신고납부세액'이 0원이 되어 가산세 또한 발생하지 않습니다.