제과업과 제조업을 겸영하는 사업자는 하나의 사업자등록번호로 두 업종의 매출과 매입을 합산하여 부가가치세를 신고·납부해야 합니다. 부가가치세는 사업장 단위로 과세되므로, 동일한 사업장에서 두 업종을 영위한다면 각각의 매출액을 구분하여 신고서에 기재하되 최종적인 납부세액은 합산하여 계산합니다.
부가가치세법상 사업자는 사업장마다 신고하는 것이 원칙입니다. 겸영 사업자의 경우 과세사업과 면세사업을 함께 운영한다면 면세 관련 매입세액을 안분 계산해야 하지만, 제과업과 제조업이 모두 과세사업이라면 매출을 구분하여 신고하고 매입세액은 공통 사용 여부에 따라 안분 계산하는 과정을 거칩니다. 이는 각 업종별로 적용되는 부가가치율이나 공제율 등이 다를 수 있기 때문에 정확한 매출 구분이 필요하기 때문입니다.